İnflamatuvar barsak hastalıklarında (İBH) tedavi genellikle uzun sürelidir. Sadece rektum denilen kalın barsağın son kısmı ile sınırlı tutulumu olan ülseratif kolit hastalarında, hafif semptomları olan Crohn hastalarında veya cerrahi girişimler sonrası yakınması olmayan bazı hastalarda tedavi gereksinimi olmayan dönemler olabilir. Bunun dışında kalan hastaların çoğunda tedavi ömür boyu gereklidir. Ülseratif kolit ve Crohn hastalığında hastanın yaşı, hastalığın şiddeti, hastalığın sindirim sistemi içindeki yaygınlığı, sindirim sistemi dışı belirtilerin varlığı gibi pek çok faktör tedavi kararını etkilemektedir. Bu nedenle tedavi şekilleri hastalar arasında bireysel farklılık göstermektedir. İBH tedavilerindeki amaçlar, hastalık alevlenmelerini kontrol etmek, iyilik halini korumak ve hastalıklar seyrinde oluşabilecek komplikasyonları engellemektir.

Her iki hastalık içinde geçerli olan tedavi seçenekleri ilaçla yapılan tedaviler ve cerrahi tedaviler olmak üzere iki başlık altında toplanabilir.Hastaların çoğunda başlangıç aşamasında ilaçla tedavi yöntemleri uygun iken bir grup hastada daha tanı anında cerrahi tedaviler gerekli olabilir.İlaç tedavisinde geçmişi oldukça eski ve hastalık üzerindeki etkileri oldukça iyi belirlenmiş ilaçlar mevcuttur (meselaminler, steroidler, azatiyopürin, budenosid vb). Bu ilaçların ağız yoluyla kullanımı olduğu gibi makat yoluyla kullanıma uygun formlarıda bulunmaktadır. Hastaların bir kısmında hem ağız yoluyla hem de makat yoluyla ilaç kullanımı gereksinimi olabilir. Son yıllarda kullanıma giren ve nispeten daha önce İBH tedavisinde kullanılan ilaçlardan daha güçlü oldukları kabul edilen, TNF-alfa inhibitörleri (infliximab, adalimumab) olarak adlandırılan yeni ilaçlarda hem ülseratif kolit hem de Crohn hastalığı tedavisinde başarı ile kullanılmaktadır. Bahsedilen tüm ilaçların İBH üzerindeki olumlu etkileri yanı sıra bir takım yan etkileri de mevcuttur. Bu nedenle hem hastalık gidişatını kontrol etmek hem de ilaçların güvenilirlik hallerini denetlemek için hastaların mutlaka belli aralıklarla kontrol muayenelerini ve tahlillerini yaptırmaları gerekmektedir.

Cerrahi tedavi seçenekleri genellikle ilaç tedavisine yeterli yanıt alınamayan veya hastalık seyri sırasında ilaç tedavisi ile giderilmesi mümkün olmayan durumlar için kullanılmaktadır (Fistül oluşumu, barsak tıkanıklığı veya yırtılması vb). Cerrahi uygulamalar arasında hastalıklı barsak bölgesinin çıkarılması veya ülseratif kolitte olduğu gibi kalın barsakların tamamının çıkartılması gibi yöntemler yer almaktadır. Doğru hasta, doğru zaman ve doğru cerrahi yöntem, cerrahi tedavinin başarısını belirleyen en önemli faktörlerdir. Her iki hastalık içinde cerrahi tedavilerden sonra da ilaçla tedavi gereksinimleri veya tekrarlayan cerrahi gereksinimleri olabileceği unutulmamalıdır.

Sonuç olarak İBH’da en uygun tedavinin belirlenmesi gereklidir. Bu tedavi yöntemi belirlenirken, gastroenteroloji, cerrahi, patoloji ve radyoloji hekimlerinin bir arada karar vermesi, hastanın da tedavi kararına dahil edilmesi ve hasta uyumu en önemli faktörlerdir.