Normalde yediğimiz gıdalar ağızdan geçer, yemek borusundan aşağı mideye iner. Midede öğütülür, mide asitleri ve enzimler tarafından sindirilir.

Sindirilen gıdalar daha sonra mideden çıkar ve diğer bir grup enzim tarafından ilave olarak sindirileceği ince barsağa (bağırsağa) geçer. Gıdalar, barsak (bağırsak) duvarı kaslarının hareketleri ile ilerler, böylece besinler ince barsağın (bağırsağın) yüzeyi boyunca emilir ve kan dolaşımı vasıtasıyla vücudun geri kalanına dağıtılır. Vitaminlerin ve minerallerin büyük bir bölümünün emilimi, ince barsağın (bağırsağın) jejenum ve ileum olarak bilinen kısımlarında gerçekleşir.

Gıda bundan sonra, gıdadaki suyun büyük bölümünün vücuda dönmesi için geri emildiği kalın barsağa (kolon) ilerler. Burada dışkı oluşur ve boşaltıma hazır olana kadar burada saklanır. Dışkı, vücuttan anüs yoluyla atılır.

Crohn hastalığında sıkça olduğu gibi ince barsak (bağırsak) iltihaplandığında barsaklar (bağırsaklar), sindirimi ve besinlerin tamamının emilimini daha az gerçekleştirebilirler. Crohn hastalığı olan kişilerde yetersiz beslenmenin nedenlerinden biri budur.

Düzgün bir şekilde sindirilemeyen gıda, aynı zamanda kalın barsaktaki (bağırsaktaki) su emilimini de engelleyerek ishale neden olabilir. Ülseratif kolitte iltihaplı kalın barsak (bağırsak) suyu doğru şekilde ememez ve bu durum şiddetli ishale neden olur. Sadece çok ağır Ülseratif Kolit vakalarında gıda emilimi etkilenir.